Con restaurar los valores de fabrica no pierdes el root. Lo unico que consigues con eso es formatear a nivel superficial la SD. Es decir, aplicaciones, y datos guardados por las mismas.
Te habras fijado que no pierdes en ningun momento las fotos que tuvieras, musica, o el resto de cosas que tuvieras en otras carpetas.
La manera de restaurar de fabrica todo (que creo que es lo que buscas al tener un movil de segunda mano y empezar de 0) es cerrar el Bootloader, borraras TODAS las carpetas del movil y lo dejas como salido realmente de fabrica.
Se puede hacer con el Nexus Toolkit y en este caso SI que pierdes el root pero con la misma aplicacion lo puedes volver a rootear en 2 minutos.