Pasé por eso hace un par de semanas, lo que hice fue rootear desde el recovery de fábrica nuevamente.
Otra cosa, puedes desinstalar la app superusuario, reinicias, cuando entras vas a tener la app desactualizada, la actualizas desde el play store, actualizas el binario y no deberías tener problemas.
Espero te sirva alguna de las dos.
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