Wipe limpia la configuración del terminal pero no borra los datos de la tarjeta sd. Dejará el terminal como si fuese nuevo. Ojo, hacer wipe antes de instalar la nueva rom y no después, si no puede que algunas de las características de esa rom desaparezcan, como soft adicional.
Es recomendable hacer siempre wipe antes de cambiar de rom, salvo que la rom especifique que no hace falta, como en el caso de pasar de una cyanogenmod 4.0.1 a una 4.0.2.
Las aplicaciones compradas van asociadas a la cuenta de google, una vez que hayas accedido con tu nombre de usuario y contraseña el maket sabrá qué aplicaciones has comprado.