A mi me sucedio exactamente lo mismo.
Lo que hice fue dejar cargando el movil (apagado) toda la noche .
Al siguiente dia por la manana lo encendi pero inmediatamente entre en modo recovery, es decir que no deje que entrara al sistema.
Una vez en el recovery hice el wipe battery y listo, cuando entre al sistema ya tenia el icono al 100%.
Ojo: es importante que no dejes que entre al sistema antes de hacer el wipe porque nuevamente utilizara el .bin de la bateria y te movera los porcentajes.
Espero te sea de utilidad esta informacion.
Saludos!
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