Ese mensaje aparece cuando se ejecuta algún programa que requiere permiso de superusuario.
La primera vez que abres una aplicación que requiere permiso de superusuario (SetCPU, Autostarts, Titanium, etc.), aparece un cuadro de mensaje en el que debes darle a "Conceder" o "Denegar"; En este mismo recuadro, también aparece una opción de "Preguntar cada vez que se ejecute" o algo así (Es decir, volver a concederle el permiso cada vez que se ejecute la aplicación).
Por defecto, el permiso solo se concede una vez y queda guardado en la app de superSu, para ver qué aplicaciones tienen este permiso, solo tienes que entrar en superSu y comprobarlas, así como revocar un permiso en caso que no quieras que se ejecute la app.
(Vaya tocho y seguramente no me he explicado bien).
Ah, no soy un entendido del tema, si he cometido algún fallo, que alguien experto nos lo diga, por favor!