Piensa que al aplicar temas tambien aplicas .apk osea paquetes y no solo modificas el aspecto sino tambien el funcionamiento, un ejemplo:

El gmail.apk de CyanogedMod no tiene idioma en Castellano yo le integro uno de Vodafone original, cuando aplicas temas tambien aplicas .apk osea que es posible que vuelvas a tener el gmail en ingles ya que el tema es portado de la CyanogedMod original.
Ahora si nosotros nos hicieramos nuestros propios temas partiendo de esta no habria ningun problema con el idioma.