Igual que con los discos duros, cuándo compras uno de 500GB y lo formateas... se queda en 465, el móvil aunque digan 4gb para el usuario y 4gb para SO.., tanto una partición como otra se queda en menos, diría que en 3,76 o algo así si fueran 4gb...
Si el móvil tiene una sola memoria pero dividida, se quedará en menos, y seguramente antes de robar la pérdida de datos de la partición sistema la hagan de la memoria del usuario.
Es un suponer, a lo mejor son dos memorias diferentes, no lo sé.