Las aplicaciones no es que desaparezcan si no que se desactiva la sd para poder acceder a ella desde el pc, una forma de evitar esto es tener las aplicaciones en la memoria interna, pero teniendo en cuenta que es mas bien excasa, no merece la pena. Lo que sí es extraño es que te las mueva de un escritorio a otro, deberían quedar donde estaban. Haz la prueba de mover a la memoria interna una de esas aplicaciones que pasa de un escritorio a otro.