Tanto Xperia S como SGII son unos bichos tremendo y no creo que te arrepientas con ninguno de los dos.
Te diré en lo que creo que es mejor el Xperia (salvo que me equivoque, que alguien me corrija)
Pantalla: Ambas de 4'3", pero la del Xperia es HD (1280x720)
Cámara de fotos: Mejor la del Xperia en casi todas las situaciones. Con poca luz creo que sufre más que la del SII.
Potencia: Parejos, algo más potente el Xperia.
HDMI: Con SII también tienes, pero es un cable diferente que no viene con el teléfono (MHL) y que suele dar problemas. En cambio el Xperia tiene HDMI que funciona a la perfección.
Smarttags: No estoy seguro, pero creo que SII también tiene tecnología NFC.
Sonido: El Xperia se escucha de lujo... salvo cuando pones manos libres que se escucha bastante bajo. Es de suponer que es tema soft, porque para escuchar música por ejemplo, se oye altísimo.
El SII donde apaliza al Xperia, es en la comunidad que lleva tras de si. Un año y pico en el mercado, y ser el Android más famoso (y un grandísimo terminal) han hecho que la comunidad sea inmensa, y haya cientos de ROMS diferentes.
Ahora mismo creo que no me dejo nada. Si me dejo o sobra algo, cualquier compañero sabrá dar más y mejores datos.
Un saludo.