a mi me pasa algo parecido, no me deja actualizar el binario y ahora mismo estoy con el binario 2.x (no se concretamente cual es se que es el 2.algo) me he descargado el binario 3.1.1 que es el mas actual y los instalo desde el recovery pero dejo de ser root, si le instalo el 3.0.3.2 a veces soy root y a veces no.
alguien sabe como sollucuionar esto?
PD: los binario me los he descargado de aqui
http://downloads.androidsu.com/superuser