La manera directa: copiate (con root explorer) lo que hay dentro de /data/data, las carpetas de las aplicaciones que te interese salvar la configuración y los datos de usuario. Luego vuelves a instalar la aplicacion, sobreescribes la carpeta por la que te habias copiado (con los mismos permisos) y listo.
Con el titanium backup tambien puedes hacerlo como te indica el compañero.