Perjudicar va a perjudicar, pero no tanto.
Eso si, no le pongas valores extremos de frecuencia para que no ascienda demasiado la temperatura y dure más tiempo el procesador.
Para no tener que estar cambiando todo el rato de frecuencias te recomiendo usar SetCPU el cual te permite crear unos perfiles a tu gusto, por ejemplo: cuando este apagada la pantalla se active el gobernador powersave y las frecuencias bajen a X
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