Bienvenido
La primera pregunta ya te respondieron bien, el ser root representa que podras modificar tu telefono en su totalidad, hablando de interfaz, aplicaciones, sistema etc, cosa que cuando no eres root tienes un candado del tamaņo del mundo.
Para que solo te aparezcan solo tus contactos, bueno yo lo tengo asi en mi telefono, en tu agenda de contactos, menu, opciones de visualizacion, y ahi desmarcas y solo dejas telefono, otra manera es evitar la sincronizacion de contactos en las aplicaciones que lo requieran, para eso ajustes->cuentas y sincronizacion, como te digo, asi lo hago en mi telefono
Y sobre tu ultima pregunta, para aplicar un tema como el que quieres vas a necesitar un launcher, que es en si, un tema gestor de temas, valga la redundancia, el mas popular es go launcher y tiene muchos temas chulos, lo descargas gratis del play store
Saludos
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