Por lo general, suelen ser todas formato .md5 que va en One Package. Eso solo lo usaras si flasheas unicamente la banda base o cosas así.
Si quieres flashear partes sueltas de las roms, te recomiendo Quick Flasher de @Broodplank. Lo puedes conseguir aquí:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=397126