El 90% de lo que comentas, con la que he compilado en su base, no hay ninguno de estos bugs. (que yo pueda ver)
Ej. Super user app2sd nativo, dalvik en Ext nativo...etc.
Así que para mi es la mejor la verdad.
Edito y te escribo en rojo sobre tu quote.
Te recomiendo que vuelvas a instalar de 0 todo, por que es super extraño todo lo que te pasa. si quieres la que he compilado en su base, es esta:
DESCARGA
Tu mismo.