El a2sdgui es un administrador del script de darktremor. Este script te pasa todas las apps a la SD. La única app que conozco q te permite elegir es link2SD, con el detalle de que no libera tanta memoria interna (pero si la suficiente para instalar alrededor de 100, dependiendo de su tamaño).
Si quieres utilizar darktremor para elegir q apps pasar creo q debes directamente editar el script.
En cuanto a pasarlas con la opción de cyanogen, si funciona. Hay apps q no se pueden mover a la sd y ni modo, van a quedar en la memoria interna. Esta opción instala en automático las apps donde le indicas, siempre y cuando la app haya sido desarrollada para moverse a la SD. Sino, requieres otra app (y posiblemente la partición en tu SD) para que estas apps testarudas funcionen bien al moverse a la tarjeta.