La fragmentación existe en cualquier sistema operativo. Por simplificar, el disco se fragmenta cuando quedan huecos libres entre distintos "trozos" de información. Imagínate un vinilo con sus pistas. Es como si dijéramos que para escuchar una canción tuvieras que cambiar a mitad de canción del exterior del vinilo a una pista interior.
En estos cambios de posición de la aguja del disco se pierde mucho tiempo, por lo que la velocidad de lectura/escritura baja. Por eso se recomienda desfragmentar los discos duros a menudo, para "reorganizar" la información.
Por otra parte, las memorias flash no tienen este problema. Por lo que no hace falta que hagas este proceso. De hecho, no te va a salir ni la opción