Creo que en las instrucciones de elite para la no wipe hay un fallo. Además de borrar la línea que el indicó en el script, también hay que borrar esta otra:
"delete_recursive("/data/");"
Si no, desaparecen las aplicaciones instaladas y posiblemente por eso os ha dado problemas.
Siento no haber entrado antes, pero acabo de volver del trabajo...
Si creeis que hace falta, modifico el script y la subo
