Primera duda, si, debes ponerlo a mano, a partir de ahora cada vez que cambies de rom, haz copia de seguridad de todo lo que no quieras perder.
Segunda duda, si instalas esa actualización, adiós root, vuelta a empezar.
Elige una rom y ponla, según explica racatapum, en la segunda parte del tutorial.
Suerte.