Las aplicaciones "instalables" se instalan en /data/app, las del sistema no se instalan y estan en /system/app. Esta rom de Wopad trae una carpeta que autoinstala aplicaciones y es /system/userapp, pero seguramente hay este solamente los instaladores, no me e fijado, por lo que una vez instaladas pasarian a la particion /data/app.
Si estan en la particion /data, deberian poderse desinstalar desde ajustes, como cualquie aplicacion del market o externa. Si no se pueden desinstalar desde ajustes con solo eliminar el .apk de /system/userapp.
Un saludo.