El hboot modifica las tablas de particion de la memoria interna.
En un dispositivo android hay 3 particiones en la memoria interna (tambien llamada NAND):
/system --> donde se instala la rom
/cache --> archivos temporales
/data --> donde se instalan las apps del usuario
Depende del hboot que pongas tendras mas espacio en para la rom y menos espacio para apps, o al reves claro esta, pero debes elegir un hboot que la rom soporte
Puedes ver la tabla que hay en la web de alpharev
http://alpharev.nl, alli estan los hboot disponibles con el espacio que dejan para cada particion
El kernel es el nucleo del Sistema Operativo, ya viene instalado un kernel y no es necesario cambiarlo o flashear uno antes de la rom
