No se puede, se pisan mutuamente y si no lo hacen, como pasa con las app de sistema que se actualizan (GPlay por ejemplo) ambos archivos siguen en el movil uno en system/app y otro actualizado en data/app cargara el mas reciente ya que internamente las app llevan 2 "codigos" cada app (lo digo así para que se entienda mejor que con palabras mas técnicas) con las versiones y al arrancar busca los de mayor valor al verse repetidos (que suelen ser por que a mas valor mas actualizados obviamnete y los desarrolladores suelen cumplirlo a raja-tabla precisamente para que no sucedan cosas asi y arranque el archivo mas antiguo de los dos.
Edito: hacerse se podría hacer pero metiendo mano a las tripas de la aplicación para engañar al sistema y creyera que son 2 app totalmente distintas.