Nos puedes dar mas datos?
Que ROM tienes? Kernel?
Lo normal es que el bootanimation este en /media/bootanimation.zip.
Lo que tendrias que hacer, en el caso de que este en /media:
1-. Renombras el boot que quieres como bootanimation.zip
2.- Lo copias al movil
3.- Con el root explorer das permisos de escritura a la carpeta /media
4.- Copias el boot que quieres a /media, sobreescribiendo el anterior
Saludos