Yo creo que para contestar a lo que preguntas, es necesario explicar que cuando un cocinero prepara una ROM, es para su propio uso y disfrute, incorporando mods, kernel, modem, temas, launches, eliminacion de apks, voltajes, etc...
Una vez que la tiene a su gusto y es probada, tanto por el como por sus betatester, la sube al servidor para que el resto de usuarios puedan disfrutar de su trabajo.
Con esto quiero decir que, seguramente, partiendo de una stock puedas tener lo mismo que una cocinada, aplicando manualmente las modificaciones que desees.
La diferencia es que si guardas esos cambios y la haces publica, tienes una ROM cocinada.
No se si estoy en lo cierto, que me corrija algun cocinero!
Saludetes!
P.D. Yo ahora mismo llevo una stock con la ultima ICS, el launcher del S3, widgets nativos del S3, statusbar modificada, con Titanium he borrado muchas apks que no utilizo... vamos, que parece cualquier cosa menos una sotck