No, el móvil lo conectas al usb ( teniéndolo apagado) cuando salga otra ventana del flashtool que te enseña, gráficamente, como tienes que hacerlo... manteniendo la tecla atrás pulsada mientras enchufas el cable.
Hasta ese momento, TODO lo que hagas en el flashtool, con el teléfono desconectado del cable (o te pueden salir mensajes que aún te despisten más de lo que ya pareces estar

)
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