Los problemas se presentan en principio para hacer el ROOT en Vista, pero creo que existe alguna solución como lo comentan en este post, aunque no lo tengo comprobado:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=58331
En mi caso tengo instalado Ubuntu Linux como sistema operativo secundario y desde ahi suelo hacer modificaciones acerca de rooteo, roms, y cosas por el estilo.
Saludos,