1.- El ZeusTweaker no va ligado a ningún script, al principio era un script, luego ambos y finalmente solo la app.
2.- ZeusTweaker es solo una interfaz... la mayoría de las cosas van en el kernel o en la ROM, y la app se limita a controlarlas.
3.- Si tu interés es únicamente el overclock, las demás ROMs pueden llevar mi kernel, que junto con los módulos de opptimizer compilados pueden overclockear cualquier ROM, ya que es una cuestión de kernel, no de ROM.
4.- También le puedes pedir a los desarrolladores del resto de ROMs que inviertan parte de su tiempo de desarrollo de la ROM en estas cosas, además de en instaladores novedosos, estética impecable y otras de las funcionalidades que puede ofrecer una ROM.
Conclusión: No voy a hacerte un análisis de qué funcionaría y qué no funcionaría en cada caso, porque no me se de memoria qué cosas lleva mi ROM y como funcionan todas... ha sido un proceso largo, además de que ZeusTweaker en ningún momento se ha creado pensando en una app para cualquiera... es parte de la ROM y como tal muy probablemente con otra ROM funcionarán solo una parte de las cosas. La cosa es muy sencilla, hazte una nandroid y prueba a tu antojo qué va y qué no va... pero bueno, entiendo que es más sencillo preguntar.
Un saludo.