Es muy extraño, es como si el recovery no te reconociese la SD externa por algún motivo.
El recovery depende del kernel. ¿Qué kernel flasheaste?
Si vas a ajustes -> acerca del teléfono, ¿qué versión de banda base, kernel y número de compilación te sale?
Cuando arrancas en recovery, ¿qué versión de recovery te dice que tienes?
Debería decirte CWM Recovery by amit.bagaria v5.0.2.8 en la parte superior.