Bájate la última versión de flashtool, y por última quiero decir la v0.6.9.1
http://androxyde.github.com (Installation)
Instalálo y cuando lo tengas instalado te vas a la carpeta donde lo has instalado y verás una subcarpeta llamada drivers, que contiene un ejecutable llamado flashtool-drivers. Ejecútalo y en el menú de instalación selecciona los drivers de xperia s, flasmode y fastboot.
Una vez instalados prueba otra vez y nos comentas.