Pues una solución es con un zip Flashable por cwm.
Si Descargas una rom q se flashea por cwm y abres el zip verás q trae varias carpetas q se te copian a diferentes Directorios de tu móvil.
Tambien hay una carpeta META-INF\com\google\android q trae un archivo updater-script. Ese lo abres con algún bloc de notas (recomiendo NotePad++) y trae las instrucciones para correr el zip.
Puedes sustituir las apps del zip q se instalan a System/app y data/app con las q usas.
Fíjate nada más q el zip no te Escriba la boot.img ni nada más del sistema. Borras del updater-script lo q te escribe en otras particiónes y sólo lo deja para flashear System/app y data/app. Borras todas las apps de las carpetas del zip y le metes las tuyas.
Entonces después de flashear con Odin puedes flashear el zip con cwm y tendrás el móvil como lo quieres sin tener q borrar manualmente todo.
Reitero, ojo al editar el zip, q sólo flashee en System/app y data/app.
Es fácil si haces una copia de tus apps a la tarjeta SD con un explorador root y las pasas a tu pc para editar el zip. Va a ser tardado al principio con prueba y error, pero ya q lo tengas ganas mucho tiempo y lo puedes usar de base para flashear lo q quieras.