Los kernels suele hacer uso de scripts que luego si no los borras quedan ahí al instalar otro kernel.
Es una de las cosas que puede provocar que al flashear otro kernel encima luego no te arranque el teléfono o se te quede en bootloop.
Esos archivos se localizan en la carpeta init.d y lo que haces desde recovery es vaciarla, nada más
