Ambas cosas hacen lo mismo, lo único que el zip te lo hace todo eso automáticamente para que, en cuanto reinicies, ya te lo encuentres todo en su sitio y tal y como debe estar.
Sigue el consejo de Nonamed ;)
Aunque podrias haberle dejado el link
WUALA DE NONAMED:
http://www.wuala.com/nonamed
Edito: si pones wuala nonamed en Google te sale el primero...