Vamos a ver, esto es problema de los programadores que no están programando sus apk con la nueva interfaz de HOLO, y las que no tienen su versión HOLO aparece el botón virtual tapando así una parte de la pantalla.
Resumiendo, la culpa es de los programadores y también de Google por no obligar a que todas las apk usen la interfaz HOLO. La lástima es que con esto todas las apk perderán su personalización propia y android perderá un poco su gran diversidad de diseños y rarezas. Pero lo bueno es que el usuario sabrá en un simple vistazo que botón sirve para cada cosa.
PD. Para que veáis como debería ser, aquí una explicación con imagenes.
http://www.slideshare.net/lis186/and...?nomobile=true