En el recovery, haz primero un backup, por si acaso. Luego, en advanced, le das a wipe dalvik cache. En mounts and storage haces format /system, format /boot y format /cache. No toques ningún format más.
Luego ya puedes ir a install zip from sdcard, choose zip e instalar la nueva ROM.
Al reiniciar deberías tener tus aplicaciones sin tocar pero con la nueva actualización aplicada al sistema.