Hola buenas,
Seguramente lo tengas puesto en conexión MTP (Multimedia Transfer Protocol) en ese caso no aparece la opción de extraer de forma segura. Lo que tienes que hacer es, cuando termines de pasar o copiar tus archivos, desconectar el cable directamente.
En Ajustes>Xperia>Conectividad puedes cambiar el modo de conexión USB a MSC (modo almacenamiendo massivo) así ya te saldrá lo de la extracción segura. Pero creo recordar que el PCcompanion te recomienda que uses el MTP aunque no estoy muy seguro..
Un saludo!