Segun el compañero Rubixneov, seguir todos los pasos desde el principio es mucho mas seguro. Como bien dices hay que flashear si, y se pierden todos los datos.
Seguidamente, el compañero Rubixneov ha comentado que cree que si puedes hacer root en la version 4.0.4 conservando el root de la 4.0.3, pero te arriesgas a que el telefono entre en una serie de bucles y no se reinicie, asique tendrias que restaurarlo de nuevo, como bien a experimentado Rubixneov.
Lo dicho, si quieres hacerlo como tu dices comienza desde el punto numero 3.
Saludos y suerte!