Creo que en tu caso lo único que perderías sería el root. Lo demás permanecería intacto. Aunque si mal no recuerdo, cuando migramos de GB a ICS tuvimos que hacer un wipe (restablecer a ajustes de fábrica) para que el teléfono nos fuera más fluido y funcionara correctamente, con la consiguiente pérdida de las apps instaladas. No sé si este será el caso del paso a la 4.0.4.
En todo caso, ya podrían no hacerse tanto de rogar estos de Sony, que si tienen la actualización para el Arc y el Neo, también la tienen para el Arc S, leche ya!! Tsss jum!! XD