Te comento: Si las borras, hazlo antes de instalar la ROM y luego instálala. Hay ROMs (raro es el caso, pero las hay) que instalan cosas en la SD y si las borras tienes problemas con la tarjeta.
- La carpeta ".androidsecure" contiene datos sobre la ROM que está en uso.
- La carpeta "Android" contiene datos sobre ciertas aplicaciones. Por ejemplo, Facebook, Maps, juegos que te bajes, etc.
- La carpeta "Data" es lo mismo que la de "Android", pero en otro sitio.
Ten en cuenta que al borrar esas carpetas (especialmente la de Android y la de Data), corres el riesgo de perder el contenido de algún juego que hayas descargado (los típicos 400MB o así que se suelen bajar).
Lo dicho, si las borras, hazlo antes de instalar una ROM.
ˇUn saludo!