Intentaré ayudar con lo poco que he aprendido al trastear con el móvil..También desde mi experiencia.
En las dos primeras situaciones, perfectamente puedes hacer una restauración de backup hecho que, como bien dices, restaura todo todito del sistema (configuraciones, carpetas, apps, etc.). En el caso que solo quieras restaurar las apps, uso titanium. Existen muchas apps que hacen precisamente eso, hacer un respaldo de las aplicaciones que tienes instaladas en el móvil.
Por último, en cuanto a lo de "no sd-ext found", me sale todas las veces que he hecho un nandroid, y he podido restaurar sin problemas..
En fin, será mejor que algún experto en el tema te oriente y explique el porqué de cada cosa...(Lo mío siempre ha sido ensayo/error..jejeje).
