¿Si se hace se pierde la garantía?
En cuanto al tema legal no estoy muy seguro si se pierde la garantía, ya que Android es un sistema abierto y de parte de Google no hay problema solo te da las advertencias de que es más vulnerable en cuanto a programas dañinos, el problema radicaría más en el fabricante
¿Tiene alguna ventaja?
Ser ROOT tiene varias ventajas, ya que te permite modificar casi cualquier archivo del sistema, lo que implica una personalización del 100% debido a esto existen las rom's cocinadas, otro tema importante es poder realizar modificaciones al Kernel lo que permite overclocker y solucionar ciertas falencias del sistema Honeycomb (velocidad), también puedes hacer Backup de todo el sistema Incluyendo programas y demás, otro punto el el uso de aplicaciones bajadas de "GOOGLE" o poder habilitar el Internet mediante Ad-hoc.