Si lo unico que has hecho es flashear el terminal , supongo que no habras desbloqueado el bootloader, en ese caso, SI que se actualizará via pc companion ...
Ahora bien, si le haces root, que para ello hay que desbloquear bootloader ( por el momento no hay otra forma ), entonces NO , tendras que actualizar manualmente, a no ser que vuelvas a cerrar el bootloader ..
Vamos, que si no has tocado nada, solo el firm, pues si,, se te actualizará sin problemas .. ;)