Prueba a utilizar el aTrackDog (bajatelo desde el Market) este te busca las actualizaciones de todos los programas que tienes instalados, despues te envia al market para te los actualices.
Esto ocurre xk el market solo te notifica los que te has instalado desde el, no los que instalas desde un apk (cosa que hace el mybackup), prueba con aTrackDog, conforme los vayas actualizando desde el market se te volveran a notificar.
Suerte, un saludo