Saca el Framework-res.apk de System/Framework y el twframework.apk.
Ahi están los recursos q te faltan para descompilar. Los Agregas al apktool antes de descompilar con el comando:
apktool if <ruta del archivo Framework-res.apk>
Lo mismo para el Twframework.apk.
Checa la página de apk tool, ahí vienen más detalles, también como desinstalarle los Framework por si usas roms.
En cuanto a la firma, es mejor usar la firma original, así q una vez compilada tu app modificada haz una copia de la original y reemplaza el resources.arsc con el de tu app modificada así como los arcivos q hayas cambiado en /res
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