El factory reset te deja la configuración de fábrica del teléfono. Es decir, borra datos y aplicaciones que tuvieses en el teléfono que no sean los propios de la ROM que hayas puesto. Sirve para limpiar el teléfono, y asegurar que no haya ficheros o datos de otros firmwares que puedan interferir con el recién flasheado.
El factory reset se hace marcando el siguiente código como si estuvieses marcando un teléfono: *2767*3855#
Ten en cuenta que borrará tus aplicaciones y datos, por lo que conviene hacer una copia de seguridad con antelación.