A veces pasa eso si haces un Titanium backup de las aplicaciones en KPR y luego lo restauras en KPU usando la opción de restaurar datos del sistema.
Yo probaría dos cosas: La primera sería hacer un factory reset y a continuación instalar las aplicaciones que quieras desde cero, o desde un backup de Titanium, pero seleccionando "aplicaciones que faltan con sus datos".
Si eso no te soluciona el problema, entonces djynns (que se me adelanta siempre por mucho que yo corra...
) tiene razón: KPE con latona -> KPU -> root y a volar.