Primer método:
Reinstalar la rom mediante un restore, previo backup.
La forma más fácil es hacer un backup completo con el recovery, lo pasas al pc para salvarlo. Luego pones la tarjeta nueva, la particionas y formateas con el recovery. (aconsejo hagas wipes también). Metes de nuevo la carpeta del backup en la sd y haces un RESTORE. Te deja el teléfono igual que lo tenias.
Este método funciona seguro si formateas el mismo tamaño de la EXT, y juraría que aunque lo cambies también.
Segundo método:
Hacer una copia de las dos particiones y pegarla en las nuevas.
Esta opción no reinstala nada en el teléfono. Pero tendrías que usar un lector de tarjetas y manejarte un poco en linux (con un livecd por ejm.). Si tienes interés te doy más datos.
Saludos!