hazlo exactamente como yo haber si te sale.
todo esto con companion desinstalado, a mi de otras maneras no me a salido.
1- ejecuta los drivers de la carpeta drivers en modo compatibilidad xp sp2
2-selecciona todas las casillas en el instalador, incluso la de los moviles que no son xperia S.
3- abres flash tool, cargas el firmware tal y como pone en el tutorial, cuando te pida que enchufes el telefono, volumen abajo y lo enchufas se enciende una lucecita verde y el flashboot te tiene que salir que estas conectado en modo de flasheo.
4-si te dice en ingles que necesitas instalar los drivers ahun teniendolos ya instalados, sin desenchufar el movil, le das al rayito, vuelves a elejir firmware. le das a ok, esperas a que te salga el mensaje con la imagen de un movil enchufandose, y desenchufas el xperia, mantienes presionado volumen abajo y lo enchufas, ahora ya te deberia de empezar a flashear (todo esto con el movil apagado como es logico).
cuando instales los drivers, se abre una ventanita o globo en windows, en la que salen cada uno de los drivers recien instalados con una V verde o una X roja, mira que justo al finalizar la instalacion te aparezcan todos con la v verde, de lo contrario no vas por buen camino.