Hola,
Tu tranquilo, son dudas normales. Lo más lógico es que te las puedan resolver en el hilo de cada Rom, pero sé lo costoso que resulta a veces...
Cuando instalas una custom rom, normalmente por recovery, ya viene con su kernel, no debes preocuparte mucho. Luego hay otros kernels que funcionan bien en las distintas roms, pero sí que deberías leerlo en el post de la rom en cuestión.
Si quieres cambiar de kernel, lo haces despues de tener ya la rom instalada.
Siempre que cambies de rom, es recomendable hacer "full wipe" para que la instalación sea lo más limpia posible.
El único contratiempo es que pierdes todas las app instaladas, haz siempre una copia de la memoria del teléfono en el ordenador y por supuesto de la famosa carpeta "efs".
Para las aplicaciones puedes usar el titanium, del que encontrarás más de un "manual" por aquí.
Espero haberte aclarado todo un poco, y si no, sigue preguntado que es gratis ;)
