Yo todavía no lo probe, pero en teoría si no haces ningún wipe solo formatea el system, no el data por lo que las apps y configuraciones no se verían alteradas. Claro que esto solo sirve para actualizaciones de una misma rom porque si cambias por otro tipo de rom te puede hacer problemas.
No se olviden antes de flashear de hacer un nandroid backup por si las moscas
