Técnicamente son seguras. Hay aplicaciones (Como el 90% de las eróticas) que pueden meter más basura de la necesaria entre los archivos de la aplicación.
Muchas veces también depende del tipo de usos que les des (Por ejemplo un mal empleo del root explorer).
De todas formas siempre tienes los comentarios de la gente y las valoraciones de cada aplicación.
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